2006年6月、ドイツW杯に選出。当時の代表監督ジーコに中心選手として重要視され、グループリーグ全3試合にフル出場するも、2敗1分で敗退。第1戦のオーストラリア戦で自身のW杯での唯一の得点を獲得。
同年9月には2006-07シーズンのUEFAチャンピオンズリーグに初出場。オールドトラフォードで開催されたグループリーグ第1戦、マンチェスター・ユナイテッド戦にて、今でも語り継がれる伝説のフリーキックによる得点をあげる。
続く対マンチェスター・ユナイテッド戦でもフリーキックを決め、決勝トーナメント進出に貢献。これはセルティックにとって現行のCLとなってから初、日本人選手としても初めての快挙を果たす。
2007年4月、セルティックのリーグ戦連覇が決まり、実質日本人で初めて欧州リーグで連覇を経験した選手となる。2006-07シーズンはリーグトップの12アシストを挙げ、スコットランドPFA年間最優秀選手賞、スコティッシュ・プレミアリーグベストイレブン、スコットランド・サッカー記者協会年間最優秀選手賞を受賞、年間ベストゴール賞も獲得。