大久保利通と会談。大久保は諭吉のことを民権論者の首魁のように思っていたのでそれを否定し会談を終えた（「面白」（流石有名に恥じず。大久保の日記。）による）が、大久保は出版検閲の権限を文部省から内務省に移管したことで、秋山恒太郎が官吏を移動するという災難に遭った。これを見た諭吉は、『民間雑誌』に「内務卿の凶聞」という社説を大久保暗殺後に掲載。これが問題となり、編集長の加藤政之助が内務省警視局に呼び出され、『民間雑誌』は廃刊となる。
そこで目を付けたのが、薩長藩閥では無い、大隈重信の存在だった。諭吉は大隈を頼りに統計院（後の内閣統計局）を設立させる。統計院にはある秘密があり、設立直後から「憲法の調査立案」というおよそ統計と関係の無い機能を併せ持っていた。ここに、矢野文雄・犬養毅・尾崎行雄といった人材を投入し、大隈のブレーンとして活躍できるようにした。